Санитарный надзор на морском транспорте является частью системы общегосударственных мероприятий, направленных на обеспечение санитарно-эпидемиологического благополучия населения РФ.
Опасность заноса на территорию страны карантинных (холера, чума, желтая лихорадка) и других заболеваний вызвала необходимость организации органов санитарного надзора над морскими судами, пересекающими государственную границу. Эти органы входят в состав Государственной санитарно-эпидемиологической службы РФ. Непосредственно в портах, открытых для международного судоходства, функции санитарного надзора осуществляют санитар-но-карантинные отделы, подчиняющиеся территориальным санитарно-эпидемиологическим станциям. В портах с большим грузовым и пассажирским оборотом могут создаваться портовые санитарно-эпидемиологические станции.
Санитарно-эпидемиологическую службу в РФ возглавляет Государственный комитет санитарно-эпидемиологического надзора.
Деятельность санитарно-эпидемиологических станций на водном транспорте определяется Международными медико-санитарными правилами 1969 г. (с последующими изменениями), а также законами и подзаконными актами РФ, среди которых важное место занимает Закон РФ «О санитарно-эпидемиологическом благополучии населения» 1991 г. Основными задачами санэпидемстанций на водном транспорте являются: контроль за соблюдением санитарных норм на судах, анализ технического состояния эксплуатируемых судов, а также разработка санитарно-гигиенических правил с последующим их контролем.
Одной из форм санитарного надзора является карантинный досмотр, которому подлежат все суда при пересечении ими государственной границы. Основное внимание уделяется проверке судовой медицинской документации (судовые роли, международные свидетельства о прививках, морские санитарные декларации, свидетельства о дератизации или освобождение от дератизации и т.д.), выявлению больных инфекционными заболеваниями. На основании результатов досмотра судна принимается решение о возможности его захода в порт или выхода в рейс. В случае признания судна благополучным в эпидемиологическом отношении судну выдается разрешение на право свободной практики.
При входе в порт или на рейд порта судно поднимает сигнал по Международному своду сигналов, соответствующий его санитарному состоянию. Если судно не заражено, нет подозрений на карантинные болезни, то поднимается флаг «Q» («Квэбэк), означающий «Мое судно не заражено, прошу предоставить свободную практику». Карантинный флаг не спускается до получения свободной практики. В иностранных портах нередко допускается получение свободной практики по радио.
