Согласно ст. 60 КТМ РФ в случае обнаружения на судне, находящемся в плавании (прибрежном или заграничном), признаков преступления, предусмотренного УК РФ, капитан судна выполняет функции органа дознания, руководствуясь при этом уголовно-процессуальным законодательством РФ, а также инструкцией о производстве дознания на судах, находящихся в плавании, утвержденной Генеральным прокурором РФ по согласованию с федеральным органом исполнительной власти в области транспорта и федеральным органом исполнительной власти в области рыболовства (п. 1 ч. 1 ст. 69 КТМ РФ). В указанной инструкции предусмотрены права и обязанности капитана при производстве дознания, основания и порядок задержания лица, подозреваемого в совершении преступления, условия его содержания на судне, соблюдение его прав (п. 2 ч. 1 ст. 69 КТМ РФ).
Капитан или лицо, им уполномоченное, обязано принять предусмотренные законом меры в целях обнаружения преступления и лиц, его совершивших, а также меры по предупреждению и пресечению преступления. При этом капитан, не имея возможности передачи дела следователю, осуществляет максимум дознавательных действий: осмотр, обыск, выемку, освидетельствование, задержание, допрос подозреваемых, потерпевших и свидетелей.
В процессе выполнения функции органа дознания подлежат установлению следующие обстоятельства:
1) действительно ли совершено преступление и какое именно;
2) когда совершено преступление;
3) место на судне, где совершено преступление и где находилось судно в момент совершения преступления;
4) при каких обстоятельствах, каким способом, с применением каких орудий и средств совершено преступление;
5) кто подозревается в совершении преступления;
6) сведения, характеризующие лицо, подозреваемое в совершении преступления;
7) по каким мотивам и с какой целью совершено преступление;
8) какие причины и условия способствовали совершению преступления;
9) последствия преступления;
10) другие обстоятельства, имеющие значение для дела.
О преступлении на судне капитан с помощью имеющихся на судне средств сообщает прокурору по месту регистрации судна. Указания прокурора обязательны для лица, выполняющего функции органа дознания. Этот же прокурор (бассейновый) осуществляет надзор за точным исполнением закона о производстве дознания [3].
В соответствии с п. 2 ч. 2 ст. 69 КТМ РФ подозреваемое в преступлении лицо может быть передано иностранным властям, если оно совершило преступление, направленное против безопасности морского судоходства и не является гражданином РФ или лицом без гражданства, проживающим на территории РФ. Для передачи такого лица капитан должен еще до входа судна в территориальные воды иностранного государства направить компетентным органам этого государства свое уведомление о намерении передать задержанное лицо и указать причины такой передачи, представив также имеющиеся доказательства.
Международная конвенция о борьбе с незаконными актами 1988 г. и КТМ РФ не ограничивают срок задержания лица, подозреваемого в совершении преступления на судне, ибо он задерживается до тех пор, пока не будет отправлен в РФ на другом судне, передан компетентным властям в первом порту РФ или иностранным властям.
По своему правовому положению капитан не является официальным представителем государства, под флагом которого плавает судно. Тем не менее, любые акты недружелюбного отношения к капитану со стороны иностранных властей рассматриваются в международной практике как акты недружелюбия и дискриминации по отношению к государству флага судна.