Вопрос о подсудности споров (гражданской юрисдикции) является одним из важнейших в связи со столкновением судов. Его разрешению посвящена Международная конвенция об унификации некоторых правил, относящихся к гражданской юрисдикции по делам о столкновении судов, подписанная в Брюсселе в 1952 г. Предусматривая, в каких судах по выбору истца может быть предъявлен иск, Конвенция предоставляет сторонам возможность избрать по взаимному согласию любой суд или арбитраж.В законодательстве и практике иностранных государств по-разному решается вопрос о подсудности споров в связи со столкновением судов. В некоторых странах (например, в Англии) арест судна приводит к применению юрисдикции суда, вынесшего такое решение.
Большое значение по делам о столкновении судов имеет договорная подсудность, особенно по делам о столкновении судов в открытом море. В этих случаях стороны нередко договариваются о подсудности спора до прихода одного из судов в порт. Если такая договоренность не была достигнута, иск может быть предъявлен в суде по месту нахождения ответчика.
Судовладелец обычно стремится подчинить спор национальной юрисдикции. Это связано для него с определенными преимуществами: знание национального законодательства, защита интересов без помощи дорогостоящих иностранных адвокатов и т.п.
В РФ споры между российскими и иностранными судовладельцами по делам о столкновении судов могут рассматриваться в Морской арбитражной комиссии при Торгово-промышленной палате РФ (МАХ) или в компетентном российском суде. Для рассмотрения спора в МАК необходимо согласие сторон. Такое согласие достигается путем заключения соглашения в произвольной форме либо специального контракта об арбитраже в случае столкновения по форме МАК. На практике этот контракт заключается довольно редко.
Капитан должен иметь в виду, что выбор порта захода после столкновения судов нередко предопределяет выбор юрисдикции, которая может оказаться неблагоприятной для судовладельца. При наличии возможности выбрать порт захода судна капитан должен согласовать порт захода с судовладельцем во всех случаях столкновения судов.
Великобритания, как место рассмотрения споров, вытекающих из столкновения судов, занимает особое место среди других стран. Английский суд и арбитраж, имеющие большой опыт рассмотрения такого рода дел, получили широкое признание среди иностранных судовладельцев, в том числе и российских, которые по наиболее сложным делам обычно предпочитают английскую юрисдикцию. Английские суды принимают к своему рассмотрению споры из столкновения даже в тех случаях, когда оба судна являются иностранными и независимо от того, в каких водах произошло столкновение.