Организация управления морским транспортом осуществляется по схеме министерство—государственное хозрасчетное объединение—пароходство—судно. Центральным органом управления и координации работы всех подразделений министерства, в реализации мероприятий, направленных на выполнение утвержденных производственных планов. В области коммерческой работы министерство:разрабатывает условия и правила перевозки грузов и пассажиров; заключает генеральные соглашения с другими министерствами и ведомствами на перевозку и переработку грузов; разрабатывает, оформляет, вводит в действие тарифы и сборы, условия применения их; руководит коммерческой работой государственных хозрасчетных объединений, а через них—коммерческой работой пароходств. Как центральный орган государственного управления морским флотом ММФ несет ответственность за состояние и дальнейшее развитие морского транспорта, за его техническую, коммерческую эксплуатацию, за наиболее полное удовлетворение потребностей страны в морских перевозках грузов и пассажиров, за соблюдение международных соглашений, норм и законов СССР, относящихся к торговому мореплаванию, и др.
В состав ММФ входят Государственные хозрасчетные объединения морского транспорта—«Севзапфлот», «Южфлот», «Даль флот». Основными производственными подразделениями морского транспорта, входящими в состав указанных объединений, являются пароходства. В «Севзапфлот» входят пароходства—Балтийское, Мурманское, Северное, Латвийское, Эстонское и Литовское; «Южфлот»—Черноморское, Азовское, Новороссийское, Грузинское, Советское Дунайское, Каспийское и Среднеазиатское; «Дальфлот»—Дальневосточное, Приморское, Сахалинское, Камчатское и Северо-Восточное Управление морского флота.
На государственные хозрасчетные объединения возлагается непосредственное руководство хозяйственной и эксплуатационной
деятельностью подчиненных им пароходств. Главными задачами объединений являются: обеспечение развития хозяйства морского транспорта бассейнов; обеспечение роста производительности труда; руководство эксплуатационной, коммерческой деятельностью пароходств; обеспечение перевозок и перевалки грузов при минимальных затратах общественного труда;
повышение эффективности и рентабельности работы пароходств.
Коммерческая и хозяйственная деятельность объединений включает в себя: комплексное разрешение конкретных задач при выполнении плановых перевозок совместно с клиентурой, внешнеторговыми организациями и другими видами транспорта;
составление, согласование и утверждение графика расстановки и движения флота, плана завоза и вывоза грузов по портам отдельных бассейнов; разработку и введение в действие мероприятий по улучшению коммерческой и эксплуатационной деятельности пароходств; ведение коммерческих, финансово-валютных расчетов, статистического учета; составление отчетов, рассмотрение и утверждение отчетов и балансов предприятий и организаций, входящих в состав объединений.
Объединения производят необходимое координирование, целесообразно распределяют объемы перевозок и переработки грузов и оперативно маневрируют тоннажем с учетом состава флота и загрузки портов бассейна. Объединения действуют на основе хозяйственного расчета.
Пароходство является комплексной организацией морского транспорта,действующей на началах хозяйственного расчета, пользующейся правами юридического лица, имеющей самостоятельный баланс и счета в банках. Пароходство является сновным производственным предприятием, в состав которого входят морские порты, судоремонтные предприятия, экспедиционный отряд аварийно-спасательных судоподъемных и подводно-технических работ (АСПТР) и другие предприятия
Эксплуатационная и коммерческая деятельность в пароходстве и портах осуществляется входящими в состав управления пароходства и порта эксплуатационными и коммерческими службами и отделами. Основными задачами коммерческой службы пароходства являются: организация коммерческой работы на судах и в портах; разработка мероприятий по улучшению коммерческой работы, повышению рентабельности перевозок грузов; совершенствование и повышение качества приема, сдачи груза и сохранности перевозимых грузов; установление договорных взаимоотношений с клиентурой, другими видами транспорта по условиям перевозки грузов, разработка и согласование тарифов, условий перевозок грузов, аренды и
буксировки судов; разработка и согласование условий норм обработки судов; контроль за сохранностью грузов при перевозке их на судах, производство ведомственных расследований случаев брака; рассмотрение и урегулирование претензий пароходства и клиентуры по нарушениям условий перевозок и др. Взаимодействие коммерческой работы морского транспорта с МВТ, железнодорожным транспортом и клиентурой заключается в том, что при перевозке внешнеторговых грузов между пароходствами, морскими портами, железными дорогами и внешнеторговыми объединениями возникают довольно сложные взаимоотношения. Годовые планы перевозок грузов морским транспортом, железными дорогами и планы всесоюзных объединений МВТ должны быть между ними согласованы с учетом распределения грузопотоков по портам. Основные условия перевозки, перевалки и транспортно-экспедиторского обслуживания, а также взаимоотношения между участниками устанавливаются на основании заключаемых между ними генеральных, локальных договоров и узловых соглашений, а также на основании действующих отдельных нормативных актов, специальных законов. Коммерческие взаимоотношения между ММФ, МВТ
и железнодорожным транспортом выражаются в установлении условий: планирования и организации перевозок грузов;
перевалки грузов в морских портах с железной дороги на море и обратно; транспортно-экспедиторского обслуживания грузов в портах и на железнодорожных станциях, примыкающих к портам; оплаты за перевозку, переработку, хранение грузов; оформления грузовой и другой документации; расчетов за произведенные операции и работы и др.