Морская навигация зародилась в глубокой древности. К первым мореплавателям относят египтян и финикийцев, однако и другие народы того времени имели навыки путешествий по морю.
Основы морской навигации в современном понимании были созданы при начале использования магнитной стрелки компаса для определения курса судна. Первые упоминания об этом традиционно относятся к XI веку. Важным этапом развития навигации стало начало составления карт в прямой равноугольной цилиндрической проекции (Г. Меркатор, 1569), в более ранние времена в картографии не было единого стандарта. Большим шагом вперёд послужило изобретение в XIX веке механического лага — прибора, измеряющего скорость судна.
В конце XIX — начале XX веков успехи в развитии физики и исследовании электричества послужили основой создания электронавигационных и радиотехнических приборов судовождения.
В России первое учебное пособие по морской навигации было написанно в 1703 году Л. Ф. Магницким, преподавателем «Школы математических и навигацких наук», основанной Петром I двумя годами ранее. Большой вклад в разработку морской навигации внесли и другие русские мореплаватели и учёные: С. И. Мордвинов, Л. Эйлер, М. В. Ломоносов и другие.
Кругосветные плавания и географические научные экспедиции способствовали дальнейшему развитию науки судовождения. Новый этап в развитии навигации и штурманского дела открыло изобретение радио.
